Als die Turtles die Mutastones von Crys-Mu, dem Geist des Lichtes, erhalten, besitzen sie von nun die Fähigkeit sich in Super Turtles zu verwandeln. In der Zwischenzeit stolpern der böse Shredder, Bebop und Rocksteady über den dunklen Mutastone, welcher sie ebenfalls zu Super Kriegern mutieren lässt. Aber was wären die Turtles ohne einen Trick unter ihren Panzern - Alle vier können sich zu einem ultimativen Super Turtle kombinieren - Turtle Saint!