Anime opowiada o Takashim Natsume, który jest w stanie zobaczyć ayakashi, czyli po prostu duchy. Ta jego nienaturalna zdolność była źródłem "outsajderstwa", a co za tym idzie, ciężkiego dzieciństwa. Jednak od pewnego czasu zaczęło się to zmieniać, bo znalazł dom, w którym został ciepło przyjęty przez znajomych swojego ojca, mieszkających w małym miasteczku, gdzie niegdyś żyła jego babcia. To po niej właśnie Natsume odziedziczył zdolność widzenia ayakashi... i nie tylko. Reiko, bo takie imię nosiła jego krewna, zostawiła mu po sobie karton z różnymi rzeczami, wśród nich zaś "Księgę Przyjaciół". Czymże jest ta księga? Reiko miała niezwykłe hobby, a mianowicie kolekcjonowała ayakashi. Wygrywając z nimi, zmuszała je do wpisania swojego imienia do księgi, dzięki czemu jej właściciel mógł w każdej chwili wezwać jednego z pokonanych duchów, by mu służył.