Příběh Muv-Luv Alternative: Total Eclipse se odehrává pár let před příběhem původního Alternative. Anime je uděláno podle herní novely Total Eclipse. Vše začalo posláním satelitu do vesmíru, aby hledal život. Na Marsu byl skutečně život nalezen. Lidé později poslali člověka na měsíc, avšak tam na ně již život z Marsu čekal. Nebylo to nic přívětivého a brzy po té život z Marsu napadl i Zemi. Tak začala válka se stvořeními známými jako je BETA.