Ved 2039, havde den globale opvarmning forårsaget vandstand til at stige og store mængde af territorium til at være tabt. Som om svar, en mystisk gruppe af krigsskibe klædt i tåge, "Fleet of Mist", dukkede op i hvert hjørne af havet, og begyndte at angribe menneskelige skibe. På trods af menneskeheden mønstring al deres styrke, blev de aldeles besejret af Mist overvældende kraft. Alle af menneskehedens handelsruter blev blokeret af flåden af ​​Mist, deres politiske økonomi blev ødelagt, og den menneskelige race blev støt slået ned. Syv år senere, Fleet of Mist ubåd I-401 vises, før kadet Gunzo Chihaya. Den menneskelignende livsform at piloter den sub, hvem der skal være deres fjende, i stedet tilbyder sine tjenester til menneskeheden