Hakou Gakuin befindet sich kurz davor schließen zu müssen, da die Schüler auf die rivalisierende Seishikan Schule wechseln nachdem mehrere Schüler, die nicht wechseln wollten, unter mysteriösen Umständen Verletzungen erhielten. Um die Schule und deren Schüler zu beschützen engagieren sie Kojiro, ein Mitglied des Fuma Clans der Ninjas. Nachdem er herausfindet, dass die Seishikan Schule Unterstützung durch den Yasha Clan, ein rivalisierender Clan zum Fuma Clan, erhält, bekommt Kojiro Hilfe von seinen Fuma Ninjakameraden. Obwohl beide Clans engagiert worden waren um die jeweilige Schule zu beschützen, schwören sich die beiden Clans sich gegenseitig für ein allemal zu zerstören, sodass nur noch ein Clan übrig bleibt.