Ittoki Sakuraba ist ein gewöhnlicher Schüler, zumindest bis sein Leben eines Tages auf den Kopf gestellt wird. Er findet heraus, dass er der 19. Erbe der berühmten Iga-Ninjas ist und dessen rivalisierender Koga-Clan nach seinem Leben trachtet. Er hat keine andere Wahl, als zu einem Shinobi zu werden, der stark genug ist, nicht nur sich selbst, sondern auch sein Dorf zu beschützen. Als Schüler der Kokuten-Ninja-Akademie, eine auf Shinobi-Techniken spezialisierte Oberschule, lernt Ittoki den Weg des modernen Ninja – ausgerüstet mit Hightech-Anzügen und Gadgets. Zusammen mit Schülern aus anderen Dörfern tritt er gegen die Koga an, um die Rivalität ein für alle Mal zu beenden.