Skull Man dreht sich um Tatsuo Kagura, welcher in seinem früheren Leben vielen Mutations Experimenten unterzogen wurde. Es endete damit, dass ihm diese Experimente unglaubliche Kraft und Fähigkeiten gaben. Die Sehnsucht nach Rache an den Mörder seiner Eltern ließen ihn zum Skull Man werden, einen »Schatten Crusader«, welcher gegen das Syndicat und seinem teuflischen Führer Rasputin kämpft.