Die Handlung der Serie dreht sich um fünf Personen, sogenannte "Alphas", die bei der Untersuchung von Kriminalfällen, in deren Zusammenhang andere Alphas verdächtigt werden, durch den bekannten Neurologen und Psychiater Dr. Lee Rosen angeführt werden. Rosen und sein Team operieren unter der Autorität des Defense Criminal Investigative Service, einer kriminologischen Abteilung des US-Verteidigungsministeriums. Während der Untersuchung dieser Verbrechen benötigt das Team nicht viel Zeit, um zu entdecken, dass eine als "Red Flag" bekannte Gruppe, die seit langer Zeit für besiegt und ausgelöscht gehalten wurde, andere Alphas verwendet, um Verbrechen zu begehen.