In Elfen Lied gelingt der gefährlichen Mutantin Lucy die blutige Flucht aus einer hochgesicherten Forschungseinrichtung. Durch eine Kopfverletzung verliert sie jedoch ihr Gedächtnis und verwandelt sich in das naive, kindliche Mädchen „Nyu“. Die Studenten Kouta und Yuka nehmen das hilflose Wesen ahnungslos bei sich auf, während Spezialeinheiten bereits gnadenlos Jagd auf sie machen. Schon bald droht Lucys tödliche Persönlichkeit wieder auszubrechen. Zusätzlich kommt eine dunkle Verbindung zu Koutas Vergangenheit ans Licht.