Als Dr. Eggman den Präsidenten und dessen Tochter als Geiseln gefangen hält, ist Sonic gezwungen, den Befehlen des üblen Wissenschaftlers Folge zu leisten – und so macht er sich auf den Weg Richtung Eggmanland. Dort hat er die Aufgabe, den Generator der Stadt zu deaktivieren und Black Eggman aufzuhalten. Doch es ist Sonic nicht bewusst, dass er sich bereits in einer Falle befindet, die als Folge die böse Kreatur Hyper Metal Sonic zum Leben erweckt. Jener Feind ist ein von Dr. Eggman konstruierter Gegenpart, der die Zerstörung von Sonic als Ziel hat.