Medaka Kurokami es, en el verdadero sentido de la palabra, perfecta. Hermosa, inteligente y atlética, el sueño de Medaka es hacer felices a los demás. Así que cuando se postule para la Presidenta del Consejo Estudiantil de la prestigiosa Academia Hakoniwa, solo se puede ganar la elección con el 98% de los votos. Lo primero que hace el nuevo presidente es crear una "Caja de Medaka", una caja de sugerencias que permite a los estudiantes enviar cualquier tipo de solicitud de asistencia. Junto con la cínica Zenkichi Hitoyoshi, su amiga de la infancia que ha sido fuerte para ayudar, Medaka cumple estas solicitudes a un ritmo ridículo. Por cada trabajo completado, agrega flores a la sala del consejo estudiantil, con el objetivo de llenar toda la escuela. Sin embargo, ¡los dos están a punto de descubrir que ayudar a los demás puede ser mucho más difícil de lo que piensan cuando comienzan a descubrir un plan devastador centrado en la academia e incluso en la propia Medaka!