Alors que se déroule le rituel de sélection de la reine du royaume Yamatai, celui-ci est interrompu par une attaque de l'empire Kune. Bokka, le Feu Sacré, sauve les six prétendantes au trône en les dispersant dans le royaume ainsi que le bébé des Gardiens du Feu, Himiko, qu'il envoie à une autre époque. Himiko Himejima et Masahiko Kutani sont de simples lycéens jusqu'au jour où ils se rendent à l'endroit où Himiko a été trouvée bébé. Une lumière les emportent dans l'ancien royaume Yamatai en pleine guerre afin de repousser l'empire Kune et ses armées de soldats mort-vivants. Ils prêtent main forte à deux des prétendantes Seika et Imari, afin de protéger le royaume et découvrent peu à peu leur lien avec ce monde et avec le Feu Sacré.