Tsukishima Jinbei, un apprenti samouraï et fils d'un puissant samouraï, se rend à Edo pour intégrer le Mushibugyō, une agence shogunale chargée d'exterminer les insectes qui infestent la ville et le pays, à la place de son père. Les insectes, en effet, sont d'énormes créatures meurtrières. Jinbei fait ainsi la rencontre de ses nouveaux camarades : Hibachi, une ninja spécialisée dans les explosifs, Koikawa Shungiku, Ichinotani Tenma, le mystérieux Mugai et Matsunohara Kotori, leur supérieur. Le jeune samouraï, fraîchement recruté, n'est pas au bout de ses surprises lorsqu'on lui annonce qu'il ne doit pas se battre, il devra alors prouver à tous qu'il est capable de survivre face à ces insectes redoutables.