Shin Cutie Honey segue la protagonista Honey Kisaragi, insieme ai suoi amici, la famiglia Hayami, nella sua lotta contro i criminali nell'immaginaria città di Cosplay City. Honey, un androide di sesso femminile, è dotata di un dispositivo che le permettere di assumere le sembianze di diverse persone, oltre che di far apparire delle armi nelle proprie mani ed altri poteri, al grido di "Honey Flash!" I primi quattro episodi concludono un arco narrativo nel quale Honey combatte le forze di Dolmeck, un uomo temuto anche da altri criminali. Negli episodi successivi, Honey combatte altri nemici, potenziati dal ritorno della sua antagonista, Panther Zora.