Sora no Woto è ambientato in un mondo sconvolto da una grande guerra terminata un anno prima. La protagonista è una giovane recluta di nome Kanata Sorami che si arruola nell'esercito nella speranza di diventare un bravo trombettiere. Kanata viene assegnata alla fortezza "Custode del tempo" di Seize dove incontrerà Rio Kazumiya che diventerà la sua insegnante di musica.