Hashiba Sora è, all’apparenza, un ragazzo come tanti altri. La notte prima di ritornare a scuola, dopo un lungo ricovero in ospedale, nel cuore della notte, si ritrova praticamente schiacciato da un ragazzo, che gli chiede di restituirgli un certo Yoru, persona di cui il povero Sora non conosce neanche l’esistenza. La mattina dopo, il nostro protagonista scoprirà che il ragazzino in questione è Nao, un suo vecchio amico d’infanzia, di cui ha dimenticato l’esistenza. In realtà, sono parecchie le cose che Sora non ricorda del suo passato, come per esempio il perché sia caduto da una finestra (motivo per il quale era stato ricoverato) o il fatto che dentro di lui viva un altro ragazzo, lo stesso che Nao stava chiamando… Chi è questo Yoru? Cosa si nasconde nel passato di Sora? E perché Nao è tornato proprio adesso?