La storia ruota attorno a Maya, la figlia dell'ex preside dell'Accademia Waldstein e di un agente che viaggia nel tempo Fumiaki Uchida. Nell'anno 2012, il mondo era stato invaso dagli alieni e i viaggiatori del tempo sono stati rimandati indietro nell'anno 1999 per trovare e distruggere la chiave di Nostradamus, che la profezia di Nostradamus aveva predetto come ciò che avrebbe portato all'apocalisse. La serie passa quindi all'anno 1999, dove Maya torna all'Accademia con l'intenzione di distruggere l'Accademia sostituendo la posizione del suo defunto padre come preside. Il suo piano è stato interrotto quando incontra Fumiaki e apprende dell'imminente distruzione. Nonostante siano diffidenti nei confronti di Fumiaki, stringono un patto per cercare la chiave di Nostradamus.