Trent'anni fa uno strano fenomeno chiamato "terremoto spaziale" devastò il centro dell'Eurasia, provocando la morte di almeno 150 milioni di persone. Da allora, piccoli terremoti spaziali affliggono il mondo in modo irregolare. Shido Itsuka, un liceale apparentemente normale, incontra una ragazza misteriosa al ground zero di un terremoto spaziale e scopre che lei è uno degli "Spiriti" che sono la vera causa dei terremoti spaziali che si verificano quando si manifestano nel mondo. Viene reclutato per utilizzare la sua misteriosa capacità di sigillare i poteri degli Spiriti, impedendo loro di essere una minaccia per l'umanità. Tuttavia, c'è un problema: per sigillare il potere di uno Spirito, deve farla innamorare di lui e baciarlo.