La Hanzo Academy è una prestigiosa scuola di preparazione con un segreto noto solo a pochi eletti. Dietro le sue mura c'è un corso di addestramento per shinobi; spie addestrate e assassini che secoli fa avevano servito gli shogun per i loro bisogni politici e militari. Oggi la tradizione continua con cinque giovani tirocinanti con personalità diverse: la spensierata Asuka, la feroce ma perversa Katsuragi, la dolce e innocente Hibari, la stoica e protettiva Yagyuu e il loro maturo rappresentante di classe, Ikaruga. Senran Kagura racconta la storia di queste cinque ragazze e del loro viaggio segreto per completare il loro addestramento shinobi. Il viaggio diventa rapidamente più complicato di quanto si aspettino quando un gruppo più oscuro e sinistro di shinobi si rivela. Non solo conoscono le ragazze dell'Accademia di Hanzo, ma sembrano pienamente intenzionate e capaci di dimostrare di essere le shinobi moderne e superiori.