Protagonista di Hidan no Aria è Kinji Toyama, normalissimo studente di un liceo di Tokyo decisamente fuori dal comune, la Butei High School. Nota anche come Academy Island, questa scuola è stata creata al solo scopo di addestrare i suoi studenti all'uso delle armi, in modo che, al termine degli studi, questi possano fregiarsi dell'ambito titolo di 'Butei'. Creati allo scopo di fronteggiare la criminalità organizzata, i Butei sono dei detective armati fino ai denti e disposti ad accettare, dietro compenso, qualsiasi incarico ricada nei limiti imposti dalle 'Butei Laws'. Kinji, però, a dispetto delle sue capacità, non è in alcun modo intenzionato a diventare un Butei, e per tale ragione, allo scopo di preservare la sua tranquilla vita da normale adolescente, ha deciso di celare a tutti la sua potente abilità speciale, chiamata 'Histeria Mode'. Il suo desiderio, tuttavia, sembra essere destinato a rimanere una pura utopia: gli eventi, infatti, inizieranno a prendere una brutta piega quando, andando a scuola, Kinji scoprirà di essere rimasto vittima di un attentato, da cui riuscirà a scampare miracolosamente solo grazie al rocambolesco intervento della bella e pericolosa Aria H. Kanzaki, la più forte studentessa di livello S della Butei High School.