In un futuro molto lontano, il genere umano ha raggiunto i cieli e poi è ritornato sulla Terra. Per poter raggiungere ancora una volta i cieli, è stato scritto un libro di storia chiamato "Il Testamento" che gli uomini seguono in modo da poter riprodurre sempre gli stessi avvenimenti. Il libro, però, si ferma all'anno 1648, il che vuol dire che il tempo finirà e il mondo con esso, proprio in quella data. I popoli della Terra, hanno emozioni contrastanti a riguardo e ogni nazione segue la propria storia ma cercando di modificare gli eventi futuri. Nel frattempo, è giunto il 1648 e con lui, la fine di tutto. Ci saranno grossi cambiamenti... Nel frattempo, il Giappone non è più come una volta, ma è diviso in diversi feudi che sono a loro volta dominati da nazioni straniere in lotta fra loro. Coloro che potrebbero variare le sorti della guerra, decidono di intervenire. Essi sono gli studenti di una città fluttuante composta da otto navi volanti: Musashi.