La serie è ambientata dieci anni dopo la battaglia centrale di "Transformers Armada". Il pianeta Cibertron è tornato al suo antico splendore e gli Autobot si occupano di ricostruire e di cercare l'Energon necessario per vivere. Così fondano diverse città minerarie, ma nell'ombra si muovono ancora i Decepticon che non si sono mai arresi anche se Megatron è scomparso. Unicron intento attraverso Alpha Q sta reclutando Decepticon e potenza le loro file con i Terrorcons. Nel mentre Megatron ha ricostruito il suo corpo.