Dertig jaar geleden verwoestte een vreemd fenomeen, een 'ruimte beving' genaamd, het centrum van Eurazië en eiste het leven van minstens 150 miljoen mensen. Sindsdien worden de wereld op onregelmatige basis geteisterd door kleinere ruimte bevingen. Shido Itsuka, een ogenschijnlijk gewone middelbare scholier, komt een mysterieus meisje tegen op de ground zero van een ruimte beving en ontdekt dat zij een van de 'Spirits' is die de echte oorzaak zijn van de ruimte bevingen die plaatsvinden wanneer ze zich in de wereld manifesteren. Hij wordt gerekruteerd om gebruik te maken van zijn mysterieuze vermogen om de krachten van de Geesten te verzegelen en zo te voorkomen dat ze een bedreiging voor de mensheid vormen. Er zit echter een addertje onder het gras: om de kracht van een Geest te bezegelen, moet hij haar verliefd op hem laten worden en hem kussen.