Wanneer Iori Kitahara naar de universiteit gaat, besluit hij in de duikwinkel van zijn oom in Izu te gaan wonen, genaamd Grand Blue. Iori kijkt ernaar uit om het studentenleven te ervaren te midden van het gebrul van de golven, de brandende zon en zijn schattige neef die bij hem woont! Iori komt echter een groep stoere jongens tegen die strip-papier-schaar spelen en sluit zich aan bij Peek-a-Boo, de duikclub van de universiteit!