In het tijdperk voor de Tweede Wereldoorlog heeft de speciale school voor meisjes van de Nakano Naval Academy de codenaam "Virgin Fleet". Deze meiden zijn begiftigd met een speciale vorm van kracht die bekend staat als "Virgin Energy". Met de angst voor een nieuwe Russisch-Japanse oorlog op handen, moet de beginnende piloot Shiokaze Umino haar krachten aanscherpen om Japan te redden van volledige vernietiging.