Kotarou Tennouji mieszka w Kazamatsuri, niezwykłym mieście, gdzie miejska nowoczesność spotyka się z leśną, dziewiczą zielenią, wywołującą nostalgię i nastrój tajemniczości. Licealista okazuje się nie mniej niezwykły – dysponuje mocą (tytułowym "rewrite") pozwalającą mu rekonstruować własne ciało, uzyskując przy tym nadnaturalne zdolności. Jednak na co dzień uczęszcza do szkoły jak zwykły uczeń i angażuje się w działalność Klubu Okultystycznego, złożonego głównie z dziewcząt. Czy przyjaciółki Koutarou mogą skrywać jakieś sekrety? Na czym tak naprawdę opiera się świat? I jaka jest w tym wszystkim rola tajemniczej Kagari?