Sześć lat po tragicznych wydarzeniach z Chaos;Head w dzielnicy Shibuya dochodzi do przerażających mordów. Wszystko wskazuje na to, że związane są one z przeszłością, przypominają bowiem zabójstwa, do których doszło w czasie masowej paniki, jaka ogarnęła mieszkańców miasta sześć lat temu. Ich zagadkę spróbuje rozwikłać Takuru Miyashino, przewodniczący szkolnego klubu dziennikarskiego. Pomogą mu w tym m.in. jego przybrana siostra, Nono Kurusu, oraz przyjaciółka z dzieciństwa, Serika Onoe.