С внезапным появлением монстров, впоследствии именуемыми драконами, мир изменился до неузнаваемости. Кроме того, вскоре после этого на свет стали появляться девушки, наделённые силой, с помощью которой они способны управлять драконами и которую назвали «Д». Для таких особенных девушек была создана специальная женская академия Мидгар. Туда поступает и главный герой, Ю Мононобэ — единственный парень, обладающий «Д», чьё существование и способности держатся в глубоком секрете. Но в первый же день с ним случается конфуз: он сталкивается с одной из учениц по имени Ирис и лицезрит её в чём мать родила. А немногим позже он выясняет, что здесь также учится и Мицуки, его младшая сестра, с которой они были разлучены ещё в детстве.