ในยุคที่วิทยาศาสตร์ของโลกกำลังก้าวหน้า ได้มีคำเตือนถึงการมาเยือนของผู้นำมาซึ่งความวิบัติ ซึ่งหลังจากนั้นสัตว์ประหลาดอวกาศ COV.ก็ปรากฏตัวขึ้นและบุกโจมตีดาวโลก ในขณะที่ผู้คนกำลังสิ้นหวัง ทากะยามะ กามุ เด็กหนุ่มอัจฉริยะที่ได้รับเลือกจากเจตน์จำนงแห่งโลก ให้เป็นผู้ครอบครองพลัง กลายเป็น อุลตร้าแมนไกอา เพื่อต่อสู้กับผู้นำพาความหายนะ นอกจากจะต้องต่อสู้กับเหล่าสัตว์ประหลาดแล้ว ไกอายังต้องรับมือกับอุลตร้าแมนอากูล หรือ ฟูจิมิยะ ฮิโรยะ ที่มีเป้าหมายขัดแย้งกับตนเอง การต่อสู้ที่มีโลกและมนุษยชาติเป็นเดิมพันได้เริ่มขึ้นแล้ว