Masaru, là học sinh trung học cơ sở năm thứ hai, và bất bại trong trận chiến. Anh gặp Quái vật kỹ thuật số Agumon, người đã trốn thoát khỏi DATS, một tổ chức bí mật của chính phủ. Bất chấp ấn tượng đầu tiên khủng khiếp, cả hai vẫn trở thành bạn thân khi nói chuyện bằng "nắm đấm" của mình. Cùng với những người khác, Masaru và Agumon làm việc để điều tra các sự cố khác nhau liên quan đến Thế giới kỹ thuật số và Quái vật kỹ thuật số, để cố gắng tìm hiểu tận cùng sự việc.