Kamijou ist ein Schüler in der futuristischen Bildungsstadt - einem Ort, an dem die Menschen dank dem wissenschaftlichen Fortschritt Superkräfte entwickelt haben. Obwohl er ein ziemlicher Schwächling ist, hat er dennoch ein großes Herz. Dies kommt der jungen Nonne Index sehr zugute, denn sie befindet sich auf der Flucht vor einer Gesellschaft an Zauberern, die an das Wissen in ihrem Kopf möchten: Einer Ansammlung von unglaublichen 103.000 Grimoires. Von nun muss Kamijo alles tun, um Index mit seiner eigenen Kraft zu beschützen ... dem Imagine Breaker, mit welchem er die Kräfte anderer negiert.