Katsuhira Agata es un adolescente tranquilo y reservado cuyo sentido del dolor ha desaparecido. Su amigo, Chidori Takashiro, sólo puede recordar vagamente los días antes de Katsuhira había sufrido este cambio profundo. Ahora, su comportamiento amortiguado y complaciente a hacer Katsuhira un objetivo constante para los agresores, quienes lo explotan por sumas de dinero graves. Pero sus puños apenas se las arreglan para hacer de él un abrir y cerrar, ya que incluso las emociones están muy lejos de su alcance. Sin embargo, un día Katsuhira, Chidori, y otros cuatro adolescentes son secuestrados y obligados a unirse al Sistema Kizuna como oficiales "Kiznaivers." Los participantes están conectados a través del dolor: si un miembro se lesiona, los otros sentirán una cantidad igual de agonía. Estos individuos deben convertirse en las ratas de laboratorio y cabezas de turco de un sistema incompleto diseñado con la paz mundial en mente. Con sus destinos entrelazados, literalmente, los Kiznaivers debe exponer su verdadero ser el uno al otro, o el riesgo de no mucho más que el Sistema Kizuna.