De setting van de anime is een fictieve Japanse stad genaamd Sugomori City. Op een dag zegt Noriko Sonosaki tegen haar klasgenoot Katsuhira Agata: 'Je bent geselecteerd om Kiznaiver te worden.' Het Kizuna-systeem, waarmee Katsuhira zijn wonden kan delen, verbindt hem met klasgenoten wier levens en persoonlijkheden totaal verschillen van de zijne. Het Kizuna-systeem is een onvolledig systeem voor de implementatie van wereldvrede dat mensen door middel van wonden met elkaar verbindt. Iedereen die op dit systeem is aangesloten, wordt Kiznaiver genoemd. Wanneer een Kiznaiver gewond raakt, verdeelt het systeem de wond en verzendt deze naar de andere Kiznaiver. Sugomori City is gebouwd op teruggewonnen land, maar naarmate de jaren verstrijken neemt de bevolking van de stad af. Het verhaal speelt zich af in deze stad waar Katsuhira en de anderen wonen.