Il livello delle acque è salito tanto da sommergere alcune grandi città e le navigazioni nei mari e nelle città costiere sono minacciate da una nuova razza di umanoidi con sembianze di pesci. Questa razza intelligente e guerrafondaia è guidata da un crudelissimo uomo squalo ed è dotata di una corazzata marina altamente tecnologica e con un potenziale bellico estremamente elevato. Il Blue Submarine No. 6 cerca di opporsi loro e fermarli, ma ha sia problemi interni al proprio equipaggio che uno svantaggio dal punto di vista militare. Inoltre alcuni membri dell’equipaggio inizieranno ad interrogarsi se la loro missione sia davvero quella giusta, e se la nuova razza non abbia gli stessi loro diritti di vivere in questo, già pesantemente devastato dall’uomo, pianeta.