Сюжет розповідає про затоплений світ — людство, покаране за своє нерозумне ставлення до природних ресурсів. Але екологічна тема тут відіграє скоріше другорядну роль. І тема про хоробрих підводників, що захищають свій світ від підступних мутантів також не головна. Блакитна № 6 — це в першу чергу історія про ненависть і прощення, про руйнівне начало, як про невіднятну рису всіх людей, але й про вміння відмовитися від помсти та побачити у заклятому ворогові не чудовисько, а таку саму людину.