Mirai Asahina, een dertienjarig meisje dat opgewonden raakt door verschillende dingen, gaat met haar knuffelbeer, Mofurun, om een mysterieus object te onderzoeken dat uit de lucht is gevallen. Daar ontmoet ze een jonge goochelaar genaamd Liko die op zoek is naar iets dat bekend staat als de Linkle Stone Emerald. Wanneer duistere dienaren van Dokuroxy op zoek gaan naar de Linkle Stone Emerald, slaan Mirai en Liko de handen ineen met Mofurun en veranderen ze in de legendarische tovenaars die bekend staan als de Pretty Cures om tegen hen te vechten. Zo gaat Mirai samen met Liko naar de Toverschool, waar ze moeten leren hoe ze magie moeten gebruiken terwijl ze ook de volgelingen van Dokuroxy afweren.