Yuuno Scraia is een magiër van een verre planeet die probeert het probleem op te lossen dat begon toen Jewel Seeds per ongeluk over de hele wereld werden verspreid. In een mislukte poging om een ​​zaadjes goed af te sluiten, belandt hij in de vorm van een fret op aarde. Zijn gevecht met de zaden eindigde echter niet toen hij de aarde bereikte en hij heeft de hulp van iemand anders nodig om de zaden voor hem te verzegelen. Takamachi Nanoha hoort zijn telepathische hulpkreten en schiet hem te hulp. Wanneer ze een parel krijgt die bekend staat als het Raging Heart, kan ze transformeren in Magical Girl Lyrical Nanoha en een staf hanteren om het kwaad dat in de Seeds schuilt af te weren. Om Yuuno te helpen zijn missie te voltooien, moet ze alle 21 Jewel Seeds verzegelen, maar het lot speelt mogelijk een rol in de zaak om Nanoha's doelen te voorkomen.