Poznajemy 9-letnią Takamachi Nanohe, która uczęszcza do podstawówki, mieszka ze swoją rodziną. Jej życie jest najzwyklejsze, lecz tylko do czasu, gdy ratuje ranną Fretkę o imieniu Yuno Scrya, który później ją zaskakuje swoją prawdziwą postacią. Yuno przybyl na Ziemię, aby wypełnić swoją misję, która ma na celu odnalezienie 21 niebezpiecznych artefaktów (Jewel Seeds). Yuno prosi o pomoc naszą bohaterkę, ponieważ sam został poważnie ranny. Podarował jej tzw. inteligentne urządzenie (różdżkę) Rasing Heart. Niespodziewanie okazuje się, że Nanoha ma niesamowite zdolności magiczne. Od tamtej pory Nanoha podczas zbierania artefaktów uczy się magii od Yuno. Podczas jednej z potyczek poznajemy Fate Testarossę i jej chowańca Arfa. Od tamtej pory Nanoha i Fate nie raz ze sobą walczyły.